如此兴师动众的一个报告会，其主题和内容鲜明地向全校师生传递出一个重要信息：随着国内外科技、经济发展的趋势，南京大学的科技创新战略将以国家目标导向的大科学研究为重要发展方向。
陈骏副校长认为，当前中国和平发展面临新的国际国内环境。中国从封闭经济已经转变为开放经济，而中国的经济发展带动了国际市场的石油、铁矿石等初级产品价格不断上升；同时，我国的国际贸易磨擦冲突将不断加剧。而我国国内也正面临着土地、淡水和石油资源的严重约束，因此，必须转变经济增长方式，在保持经济增长速度的同时，让资源消耗成倍的下降。
为此，党的十六大首次提出构建国家创新体系的宏伟目标，此后，从2004年的政治局会议，到今年3月的国家科技奖励大会，10月的十五届六中全会，党中央多次明确要求加强自主创新，把自主创新作为国家科技发展的战略基点，作为调整产业结构，转变经济增长方式的中心环节和经济社会发展的有力支撑。
但是，目前发达国家科技对经济增长的贡献率普遍在60%－70%，而我国还不到30%，在全球排名第24位，与经济发展速度和总量极不相称。我国对外的技术依存度达50%，美国只有5%。因此，我国急需走出一条具有中国特色的自主创新道路。
陈骏认为，在此背景下，高校应该肩负起自主创新的重任，成为国家创新体系的重要组成部分，“科技创新的关键在于创新人才，而大学是创新人才培养和聚集的主要阵地，高校可以为国家创新体系建设的5个方面做出贡献，主要任务就是提高自主创新能力和提高培养创新人才的能力”。
“今后一个时期，我国的科技发展方向，将是以国家目标导向为核心的大科学研究”，陈骏对此深信不疑。他说，过去20年我国逐步加强了对国家目标导向的科学研究的组织和支持，如国家重点实验室、国家实验室、863、973、自然科学基金重大科学计划等。今后15年，国家的科技投入绝大部分将以大科学计划的方式下达。研究型大学必须通过国家实验室和国家重点实验室承担国家委托的重大任务进入国家创新体系，否则研究型大学的建设目标就成为空谈。
而南京大学在这方面优势与劣势同样明显。南京大学是一所以基础研究见长的历史悠久的高校，据统计，该校发表的SCI论文1992－1998年名列全国第一，SCI论文引用数1994－2001年排名全国第一；国内基础研究最高奖项自然科学奖，南京大学从2000－2004年连续获得9项二等奖；全校目前拥有两院院士26人……这些骄人的成绩充分说明了南京大学的基础研究走在了全国前列，其中一部分学科领域已经形成特色和优势。
但是南京大学面临着两个严峻的问题：一是在基础研究领域内，有重大国际影响的成果不多；二是在应用科学领域中，能产生重大经济价值的成果不多。
“现在，我们所要做的就是抓住国家向大科学研究倾斜的机遇，规划下一个五年计划怎么做”，陈骏如是说，“首先我们要对自主创新有一个完整的理解，自主创新可以划分为基础研究创新、应用研究创新和技术创新。其中，基础研究创新应该以面向国际学术前沿为目标，应用研究创新应以国家导向为目标，而技术创新则应面向区域经济建设”。
基础研究与应用研究正是目前国内高等院校科研工作的重要组成部分。
陈校长认为，基础科学应以原创性研究为主，应用科学则以集成创新为主。所谓集成创新不仅是技术的集成，还包含了研究方向、学科、人才，即集大成。因此，以国家导向的大科学研究为目标，就必须要加强组织和集成。这其中很重要的环节是综合交叉的问题，涉及到科研平台、研究基地、学术团队等。南京大学近年来有意识地加强了科研集成力度，通过985二期工程建设，已经形成了9个科技创新平台、6个哲学社会科学创新基地，建成了国家小鼠资源库，目前正在筹建国家实验室；通过建设学科特区，南京大学引进了大批高端人才和中青年人才，初步形成了学术大师加创新团队的成功模式。
但是陈骏副校长仍然觉得校内科技体制改革的力度要继续加大。他认为，建设研究大学很大的一个障碍就是目前国内高校普遍实行的“校、院、系、教研室”体制，这种体制在教学、人才培养方面没有什么弊端，但是如果开展科学研究就不太适应了，它无法有效地集成起来开展大科学、交叉科学研究。他认为，至少应该在部分领域和院系打破这种框架，实行全新的科研机制，同时对人才的考评机制做出重大改革。
陈骏介绍说，南京大学目前正在按照国家的部署，建设南京微结构国家实验室，这是一个典型的交叉科研平台和国家导向的大科学研究，它涉及到4个学科。南大将以此为契机打破院系界限，把物理学、化学、材料和电子学交叉融合，汇集固体微结构物理国家重点实验室、配位化学国家重点实验室、纳米科学与技术江苏省重点实验室、光电信息功能材料江苏省重点实验室、南京大学理论与计算化学研究所、南京大学超导电子学实验室等7个国家重点学科的科研力量。
此外，南京大学还正在筹建国防科学研究院，这是一个专事跨学科国防技术研究与开发的机构，改变以往南京大学国防科研小而散、管理乱、队伍弱的问题。同时，南京大学也抓住自身优势，鼓励各院系与大型企业结成校企合作的技术创新平台，今年10月已经成功与国家最大的有色金属生产企业金川集团联合组建实验室，形成以企业为主体的技术创新体系。